Come da programma, Papa Francesco è arrivato a San Giovanni Rotondo in perfetto orario con un elicottero partito da Pietrelcina in occasione del centenario dell'apparizione delle stimmate di San Pio. Dopo un percorso di una quindicina di minuti effettuato a bordo della Papamobile, Papa Francesco è arrivato all’ospedale Casa Sollievo della Sofferenza di San Giovanni Rotondo per benedire gli ammalati. Lungo il percorso sulle strade di Padre Pio, il Pontefice ha salutato centinaia di persone. Carezze e baci sulle teste, molte senza capelli a causa delle cure chemioterapiche, dei bambini ricoverati nel reparto di Oncoematologia pediatrica del Poliambulatorio 'Giovanni Paolo II' di San Giovanni Rotondo. Sono molto toccanti le immagini di alcuni momenti della visita di stamani del Pontefice che ha offerto parole di conforto anche ai genitori dei bambini malati. Papa Francesco è salito al terzo piano del Poliambulatorio 'Giovanni Paolo II' di San Giovanni Rotondo per visitare, in un momento riservato, i bambini malati del reparto di Oncoematologia pediatrica.
Subito dopo, la visita al santuario di Santa Maria delle Grazie, dove ha venerato le spoglie di padre Pio e il «crocifisso delle stimmate». Il Papa, con al fianco il ministro provinciale dei cappuccini, padre Maurizio Piacentino, il padre guardiano padre Carlo Laborde, il rettore del santuario padre Francesco Dileo e l’arcivescovo di San Giovanni Rotondo-Manfredonia-Vieste mons. Michele Castoro, è rimasto alcuni minuti in preghiera davanti alla teca di cristallo che custodisce il corpo di San Pio, esposto davanti all’altare del santuario. Quindi si è avvicinato al crocifisso che ricorda l’episodio delle stimmate, l’ha toccato e baciato al ginocchio. Infine è tornato nuovamente in preghiera sulla salma di Padre Pio, lasciando sulla teca una stola rossa.
Francesco aveva già venerato il corpo di Padre Pio durante l'ostensione nella basilica di San Pietro, nel febbraio 2016, in occasione del giubileo della misericordia.Tre bambini gli sono corsi incontro, all’uscita dal Santuario di Santa Maria delle Grazie, e lui, Papa Francesco, li ha stretti in un affettuoso abbraccio.
Dopo la concelebrazione della messa, il decollo in elicottero dal campo sportivo, con arrivo in Vaticano alle 14.00.